Timur'un veliaht tayin ettiği torunu Muhammed Sultan Mirza tarafından 1399 yılında başlatılan yapının inşası, Muhammed Sultan Mirza'nın ölümünün ardından Timur tarafından 1404 yılında devam ettirilmiş ve 1405 yılının Ocak ayında tamamlanmıştır. Tamamlandıktan kısa bir süre sonra 18 Şubat 1405'te ölen Timur bu yapıya defnedilmiştir. Bu tarihten sonra külliye Gur-i Emir adıyla anılmıştır.